通常注射HPV疫苗后无任何反应，但少数人群存在不良反应，如局部疼痛、肿胀、红疹、类似感冒症状或类似过敏症状即皮疹。对于身体状况不佳、处于疾病恢复期，月经期及正在感冒、发烧的患者，此时注射疫苗可能会出现疲倦感、发烧、类似感冒症状较重。无论何种反应均会2-3天自然消失，无需进行特殊处理、治疗或到医院使用药物治疗，主要通过耐心观察、休息度过疫苗反应期即可。同时其他HPV疫苗过敏反应较少发生，目前没有具体证据表明可以危及生命、影响生育及引起其他的神经系统疾病，通常情况疫苗注射具有安全性。