睡醒后头疼原因原因较多，具体如下：一、原发性头疼：如偏头疼、紧张性头疼、冲击性头疼，睡醒后可能出现头疼；二、继发性头疼：继发性头疼原因较多，1、全身系统性疾病，如发烧或感冒，晨峰血压可引起头痛，煤气中毒睡醒后也会出现头疼。2、颅内外器质性疾病可以引起醒后头痛，比如鼻窦炎、青光眼、牙周炎以及牙髓炎都可以引起头面部疼痛。颅内器质性疾病，如脑炎、脑膜炎，肿瘤、脑血管病、脑出血以及血栓形成或头部外伤导致硬膜下血肿等，都可以出现头疼。