亚急性细菌性心内膜炎最常见的病原菌是草绿色链球菌。亚急性细菌性心内膜炎的患者进行血培养时，通常培养出来的细菌是草绿色链球菌。亚急性细菌性心内膜炎与急性细菌性心内膜炎的致病菌不同，急性细菌性心内膜炎的致病菌常是金黄色葡萄球菌，而亚急性细菌性心内膜炎的致病菌常是草绿色链球菌。草绿色链球菌与金黄色葡萄球菌相比，草绿色链球菌的侵袭力和致病力稍弱。因此，草绿色链球菌所致的亚急性细菌性心内膜炎起病更缓慢。当存在心脏瓣膜疾病的患者出现菌血症时，草绿色链球菌会顺着血流到达心脏，同时定植在有损伤的心脏瓣膜上，进而形成赘生物。当赘生物脱落时，可随着血流运转到重要的脏器，如肝脏、肾脏、脾脏，甚至颅内，从而造成重要脏器的脓肿。此外，若亚急性细菌性心内膜炎患者的重要脏器出现脓肿，多是草绿色链球菌所致。