阴茎阵痛原因包括以下几种：1、输尿管末端结石：阴茎阵痛最常见于输尿管末端结石的病人，由于输尿管下段结石刺激输尿管黏膜，导致黏膜痉挛，出现阵发性下腹部绞痛，并向会阴部和阴茎放散，引起阴茎阵发性疼痛。同时病人还会出现镜下血尿或肉眼血尿，部分病人还会出现尿频、尿急、尿痛等症状；2、尿道结石：由于结石嵌顿在尿道黏膜处，导致尿道黏膜痉挛，从而出现阵发性阴茎疼痛，还会出现尿道口流血症状；3、慢性前列腺炎：感染性致病菌刺激前列腺部尿道黏膜，导致黏膜水肿、糜烂，引起前列腺腺体炎性肿大。致病微生物还会引起尿道发炎，导致尿道黏膜红肿、糜烂。在排尿时由于酸碱度刺激，会出现阵发性阴茎刺痛症状。病人出现上述症状时，需及时到男科或泌尿外科就医。