头疼、眼睛胀痛的原因有以下几点：1、丛集性头痛：丛集性头痛可以导致头部和眼部疼痛，丛集性头痛是一种原发性头痛，具体的原因还不是非常明确；2、海绵窦血栓形成：海绵窦的血栓形成，也可以有头疼和眼痛的表现，除了头疼和眼痛，可能还会伴有眼球活动肌肉麻痹，出现复视、眼睑下垂等症状；3、痛性脸肌麻痹：痛性脸肌麻痹目前认为可能是一种非特异性肉芽肿性的炎症，侵犯了海绵窦以及相应的区域，从而出现头疼以及眼睛的疼痛，伴有眼睑下垂、眼球活动的异常，以及视物有双影等临床表现。所以造成头疼和眼部疼痛的原因比较多，具体的原因需要结合患者是否伴有其他的症状、体征等进行判断，必要时还需要辅助核磁等其他检查，才能够明确。