腰部两侧疼痛的原因如下：1、无菌性炎症：腰部两侧疼痛最多见的原因是腰椎肌肉两侧的肌肉，出现肌肉的筋膜炎、软组织损伤、疲劳性炎症导致的疼痛；2、腰椎本身疾病：可能是因为腰椎间盘突出压迫脊椎的窦椎神经，引起腰部两侧疼痛；3、骨关节病：腰椎骨关节病、骨质增生、腰椎骨滑脱等，也可以引起腰部两侧疼痛；4、骨质疏松：严重的腰椎骨质疏松，也可能会引起腰部两侧的疼痛；5、泌尿系统疾病：输尿管结石、肾结石、肾盂肾炎等，也可能会引起腰部两侧疼痛；6、肿瘤：腰椎本身原发性或者继发性的肿瘤，也可以引起腰椎两侧疼痛。总之，腰部两侧疼痛经过保守治疗效果不明显，要及时完善相关检查，除外其它严重疾病。