甲肝疫苗接种后的局部不良反应主要是接种部位一过性的疼痛、瘙痒，少数可能会出现红肿、硬结及化脓等相对严重一些的不良反应，最常见的全身反应主要是发烧，体温都是低热，在37.1-37.5℃，多数会在24-48小时内消失，无需特殊治疗。甲肝疫苗包括甲肝灭活疫苗和减毒活疫苗，均具有很好的安全性，大规模随机对照研究显示，这两种甲肝疫苗接种后均没有明显的副作用，而且没有出现明显肝功能异常者。