做肠镜通常要麻醉，但是如果病人情况不允许，也可能采取普通检查，不进行麻醉。根据病人的情况，做肠镜通常采用局麻的方法，肠镜有普通肠镜和无痛肠镜，随着医疗技术和麻醉的进步，现在许多人容易接受无痛麻醉。肠镜的检查也是一个侵入性的检查，病人会有痛苦。从乙状结肠到横结肠，从横结肠到降结肠，病人会有不舒适感或者腹胀、牵拉感等，也比较难受。如果给予少量的镇痛药、镇静药，病人在熟睡过程中就没有这种感觉，也便于术者进一步检查。