巧克力囊肿有严重和不严重的，具体分析如下：1、不严重：如果是很轻微的巧克力囊肿，在不影响怀孕，又没有不舒服的情况下，不需要特殊治疗，因为不会影响正常生活，可能跟人工流产、痛经有关；2、严重：如果巧克力囊肿导致痛经很厉害，则比较严重，还可能会影响怀孕，引起不孕症，通常年轻时痛经，在进行生育与哺乳后可缓解，但是如今较多30多岁女性仍然未婚，痛经时间较长，从而导致炎症积累，使卵巢囊肿增大或严重粘连，可能影响生育、正常生活状态及性生活满意度。这种情况需及时进行治疗，治疗之后还要好好保护，怀孕、哺乳、再怀孕、再哺乳，对于巧克力囊肿是一个最好的治疗方法。