龟头上有小水疱，常见于以下原因：1、疱疹病毒感染：病人发生龟头生殖器疱疹病毒感染时，会出现龟头表面起小水疱症状，水疱破裂后会局部形成糜烂面，会形成疼痛和瘙痒症状；2、真菌感染：病人发生白色念珠菌性龟头炎时会出现龟头红疹、红斑，还会出现水疱、脓疱。水疱、脓疱破裂后，会形成糜烂面，还会形成脱皮、脱屑症状；3、滴虫感染：病人发生滴虫性龟头炎时会出现局部红疹、红斑，红斑上会形成增加样数个小水疱症状，破裂后会形成糜烂面，导致局部瘙痒症状。病人出现上述症状时，需及时到皮肤性病科或泌尿外科就医，通过局部分泌物检查，通常能找到致病微生物。通过选择有效的药物对症治疗，多数病人龟头上有小水疱症状会彻底好转。