早晨起来口苦、口臭用药需明确病因，具体有以下几种：一、生理性如果不是疾病因素造成，尽量不要用药；二、病理性根据疾病做相关处理，具体如下。1、龋齿或智齿，药物效果有限，建议到口腔专科进行处理，如补牙、处理智齿、冠周炎。2、牙齿齿缝过大或牙龈炎，需清除存食物残渣或腐败的肌肉组织，此时需要用到牙线或水线。3、黏膜损伤，如黏膜缺损、溃疡、糜烂，建议用含有抗生素、益生菌或薄荷类的漱口液，进行漱口。4、胃肠道疾病，如酸反流需用抑酸药物进行治疗，碱反流要中和胆酸，要服用胃肠动力和辅助消化的药物，具体药物需在医生指导下服用。