夜里肩膀酸痛，主要原因如下：1、肩周炎、肩袖损伤：容易产生夜里肩部疼痛，常见于50岁以上、年龄偏大的老年人，有时疼痛还较为剧烈；2、颈椎因素：颈椎的椎间盘突出，可能产生肩膀酸痛感觉，特别是劳累时。若患者原本存在椎间盘突出，且工作较累，或伏案使用电脑、看手机较多，此时夜里肩膀也容易出现酸痛，有时还存在手麻等症状；3、肩膀局部炎症或肿瘤：也可以产生夜里肩膀酸痛的感觉，但概率较低。