月经结束还有褐色分泌物的原因如下：1、卵巢功能异常：引起月经异常，比如黄体功能不足，导致子宫内膜脱落不全，使得经期延长，雌激素水平不够，使子宫内膜没有完全修复，也会造成持续、少量阴道出血；2、宫颈病变：比如宫颈柱状上皮异位、宫颈慢性炎症、宫颈息肉等都会造成月经后少量的阴道出血；3、子宫内膜病变：比如子宫内膜息肉，会导致月经后出现褐色分泌物；4、子宫本身病变：比如子宫肌瘤、子宫肌腺症等，会导致月经经期的延长；5、宫内节育器：体内有宫内节育器，有时在月经后也会有少量的咖色分泌物；6、剖腹产瘢痕憩室：女性做过剖腹产，剖腹产瘢痕憩室。