头顶阵痛的原因如下：1、颅内问题：有颅脑外伤史，或高血压、糖尿病、动脉硬化的基础病患者，在情绪激动、过度劳累的诱因下，建议及时进行头颅核磁共振检查，目的在于排除是否存在颅内脑出血、血管瘤破裂、脑堵塞、硬膜下血肿以及脑膜瘤等占位性病变的存在；2、局部软组织无菌性炎症刺激：通常在受凉、情绪波动、睡眠较差后出现，可通过休息和保暖进行缓解；3、颈源性头痛：主要由于颈肩部软组织损害，颈椎小关节病变、刺激和压迫枕神经出现头顶部阵痛症状，经过颈椎核磁共振检查后，可进行颈神经的相应治疗。