咽拭子主要采集咽后壁、软腭和扁桃体表面的分泌物。新型冠状病毒感染的患者中，分泌物常见于咽部或者鼻咽部，故目前采集得比较多的是咽拭子。咽拭子采集主要在咽喉壁、软腭和扁桃体的表面进行涂擦，再进行检测。如果由于患者软腭肥厚，或舌体过高，而引起咽喉壁暴露不好，可采用压舌板，压住舌头的前1/3，在患者配合的情况下进行采集。只要动作轻柔，患者不会有任何不适。咽拭子采集时，通常由于患者配合不好，或操作时动作过于粗鲁，导致患者出现不适，但这类情况可避免。