女性小腹两侧疼痛原因，包括泌尿系统疾病、妇科盆腔疾病，具体如下：1、泌尿系统疾病：如两侧肾炎、肾积水、肾结石、两侧输尿管炎、输尿管结石、膀胱炎、膀胱结石及尿路感染，均会引发女性小腹两侧疼痛。同时泌尿系统感染、结石、肿瘤包括肾癌、膀胱癌，也会引起小腹两侧疼痛；2、妇科盆腔疾病：如两侧输卵管炎、附件炎，慢性盆腔炎、子宫肌瘤、宫颈糜烂等妇科疾病或妇科肿瘤，可以引发女性小腹两侧疼痛。