在临床上，肛门镜和直肠镜已经并不流行，可能在专业的肛肠专科医院还在采取。实际上现在采取的结肠镜检查是全结肠，包括直肠和肛管的检查。直肠镜和肛门镜的区别在于，直肠镜可能略长，进入机体内的位置更深，而肛门镜可能观察的部位更浅。在具体应用过程当中，实际上并不采取这种检查。以前有乙状结肠镜，而目前的肠镜可以覆盖所有位置，即从阑尾开口、回肠末端一直到肛门口整个的大肠范围，都可以通过结肠镜完成。