扁桃体一侧出现吞咽疼痛的原因，常见如下：1、扁桃体炎症：如急性化脓性扁桃炎，患者可能会出现发烧，通常要使用头孢类、大环内酯类或喹诺酮类抗生素口服或静脉给药，并且局部使用激素类药物进行雾化吸入治疗，以及治疗咽喉炎的中成药、含片、漱口水进行治疗，在1周左右症状即可缓解；2、扁桃体溃疡：患者可以使用漱口水、含片进行治疗，若患者疼痛明显，可以使用贴膜将溃疡处覆盖以减轻疼痛，保证进食；3、扁桃体肿瘤：包括扁桃体癌、扁桃体淋巴瘤等，可通过取病理明确诊断，确诊后应尽早开始进行针对性治疗。