卵巢囊肿最佳治疗时间取决于囊肿性质，具体如下： 1、功能性囊肿：包括卵泡囊肿、黄体囊肿等生理性囊肿，可随月经周期增大或缩小，直径较少超过五厘米，建议月经周期第五天复查B超。通常情况下，复查1-3个月经周期，大部分可自行消退，无需特殊处理； 2、巧克力囊肿：称子宫内膜异位囊肿，因出现于子宫内膜，生长至卵巢中，月子宫内膜脱落，月经来潮时卵巢内出血，长此以往形成巧克力状囊肿。巧克力囊肿如未经治疗可逐渐加重，建议发现后及时使用药物或手术治疗； 3、卵巢赘生性囊肿：即卵巢肿瘤，包括良性肿瘤、交界性肿瘤和恶性肿瘤，发现时建议立即手术治疗。