可通过超声、CT等影像学检查明确疼痛原因，女性腹部两侧隐隐作痛原因具体如下：1、功能性病变：食用不干净或刺激性食物均可导致腹部疼痛感，一般疼痛持续时间相对较短，不超过4小时；2、器质性病变：肠道扭转、套叠、肿瘤或穿孔时疼痛持续存在，积极去除原发病灶可明显缓解腹痛情况；3、其他原因：子宫附件等特殊器官出现扭转、出血、肿瘤等疾病，如卵巢囊肿蒂扭转、黄体破裂，以及孕产期女性宫外孕等急腹症情况，均可产生腹痛症状。