早上起来手指肿胀的原因，主要包括以下几种：1、生理性原因：患者没有心、肝、肾等功能疾病以及低蛋白血症、炎症等，只是自觉手指肿胀，但观察手指体积与肿胀前或对侧手指相比，可能粗细没有较大变化；2、病理性原因：如局部风湿、类风湿以及其他结缔组织病，包括干燥综合征、红斑狼疮等，可能会表现为小关节肿胀、手指肿胀，以及心功能、肾功能、肝功能出现问题，由于静脉回流障碍，在低垂部位、肢体末端静脉回流受阻，可能出现手指肿胀，与肿胀前或对侧手指对比粗细有变化。如果是肝功能不全、肾功能不全，均容易导致低蛋白血症。另外，如果在睡眠时手指保持同一个姿势，或经常处于低垂位置，也会出现水肿的表现。