衣原体、支原体是介于细菌及病毒间的一类病原体。这类病原体常感染部位为肺部及泌尿道。 一旦感染支原体、衣原体的患者，可使用的药物包括大环内酯类、呼吸喹诺酮类、四环素类。大环内酯类常用的药物包括阿奇霉素、红霉素，而喹诺酮类包括左氧氟沙星、莫西沙星及环丙沙星，而四环素类常见的药物包括多西环素、米诺环素、替加环素等。 不同部位的衣原体、支原体感染，用药的疗程不同。由于泌尿系的衣原体、支原体感染易复发，则治疗后需进行复查。