宝宝做雾化的主要副作用通常有以下几个方面：1、药物：雾化药物多数为吸入糖皮质激素，在吸入时可能有少部分通过气道内的毛细血管进入血液，由于药物本身的副作用引起异常；2、菌群紊乱：在吸入药物时可能在颜面部或者鼻腔、口腔内出现残留，可能造成局部菌群紊乱，出现感染的情况。建议做完雾化之后，应尽量清洗宝宝的颜面部，并适当进行漱口；3、雾化面罩：使用雾化面罩后不能够及时清洗，可能造成药物残留或者不洁净的物质，之后使用时可能吸入体内，造成不必要的伤害。进行雾化治疗需要根据病情在医生指导下使用，避免出现咳嗽时都使用雾化进行止咳治疗，是不恰当的使用方法。