阿勒泰地区人民医院设有14个临床科室，6个医技科室和13个职能科室。设有创伤急救、肝胆外科、骨外科、脊柱外科、心血管病、消化系统疾病，腔镜治疗，新生儿疾病，泌尿外科，中医、颅脑外科等学科。