导致舌根起疱的病因很多、很复杂，具体要根据患者舌根起疱的范围、大小，以及部位等，到底位于舌根的前分、中分还是后分等，给予相应的分析，以及相关解释。要针对其病因，给予相应正确的治疗方案，其原因通常有以下几个方面：1、口腔感染：如部分患者有相应的鼻炎、咽炎、口腔感染，以及口腔疾病包括牙髓炎、根尖周炎、牙龈炎、牙周炎、龋病或口腔卫生状况较差；2、体质及个体差异：在受到一定化学刺激以及相应物理刺激的情况下，会引起舌根黏膜及腺体增生，从而表现为舌根起疱；3、免疫或内分泌系统紊乱：由于患者免疫系统，以及相关内分泌系统出现相应紊乱，有可能会引起舌根滤泡增生，出现舌根起疱；4、全身系统性病变：对于患有全身系统性疾病的患者，也可能会出现此症状。