耐多药肺结核与其它的结核病相同，均具有潜伏期。耐多药肺结核潜伏期的长短难以确定，耐多药肺结核潜伏期的长短主要与机体的整体免疫状况密切相关，如果儿童、老年人、伴有免疫力缺陷、糖尿病的患者感染耐多药结核杆菌，此类人群可能比普通人群易出现肺结核的部分症状，如咳嗽、咳痰、发热、盗汗、咳血。 部分年轻且身体素质较佳的人群感染耐多药结核菌后，可能长时间不会出现相关的临床表现，且影像学检查也不会发现病灶的存在。从临床上可见部分耐多药肺结核患者发现自身患病时，无任何相关的临床症状，仅因体检才发现自身患病。