对于纤维鼻咽镜检查，通常痛苦程度较轻。纤维镜本身是软镜，会根据鼻腔的不同角度、鼻腔的空间，甚至空间走势进行鼻腔和鼻咽部的检查。在鼻咽镜检查前，常规会使用丁卡因等药物进行喷鼻，起到表面麻醉的作用，还会使用呋麻、萘甲唑林等鼻用减充血剂，使鼻腔黏膜收缩以及使鼻腔空间更宽，达到缓解检查痛苦的目的。如果患者做纤维鼻咽镜检查时，鼻腔比较窄，可能会有疼痛。在纤维鼻咽镜下进行活检或者进行鼻腔镜手术换药和清洁工作时，通常会产生疼痛，多数患者可以耐受。儿童进行鼻咽镜检查时，可能会有恐惧心理，在检查前，家长、检查技师以及医生，需做好儿童的心理疏导工作，可解释做纤维鼻咽镜的原因以及过程，多数儿童能够接受。