肺炎链球菌感染首选的抗生素是青霉素类的抗生素，但随着肺炎链球菌耐药的出现，特别是对青霉素耐药的出现，还可以选用头孢类抗生素，例如头孢曲松、头孢噻肟等药物。另外还可以选择呼吸喹诺酮类的药物，例如左氧氟沙星、莫西沙星来进行肺炎链球菌感染的治疗，对于多重耐药的肺炎链球菌可以选择万古霉素、利奈唑胺等药物来进行治疗。所以肺炎链球菌首选的抗生素是β-内酰胺类的抗生素，可以是青霉素类抗生素，也可以是头孢类抗生素，还有呼吸喹诺酮类的抗生素等。肺炎链球菌对于青霉素的耐药时有发生，近年来有增长趋势，所以在进行肺炎链球菌感染治疗时，要考虑到耐药因素以及是否有耐药的高危因素，通过综合判断来选择肺炎链球菌的抗生素。