支原体肺炎主要通过抗生素治疗，所选抗生素包括大环内酯类、红霉素类以及喹诺酮类，但需注意未满18岁患者，尽量避免使用喹诺酮类，以免产生副作用，目前国内首选以阿奇霉素为主进行治疗，此外可进行中药辅助治疗，如选用清热化痰、清热解毒类中药。部分患者治疗后，影像学检查或实验室检查指标均已正常，但可遗留咳嗽、咽痒等症状，中医称之为风咳，可通过中药进行疏风止咳治疗。