新生儿肚脐眼化脓，可以通过以下方法处理：1、局部消毒：新生儿肚脐如果出现化脓，首先应该进行局部消毒处理，应该给新生儿及时用碘伏或者酒精进行擦拭，将局部的化脓性分泌物排出体外；2、药物治疗：另外，如果新生儿感染脐轮后红肿比较明显，可以必要时使用一些局部的抗炎治疗或者全身抗生素进行抗炎治疗，避免局部可能会形成蜂窝组织炎，或者入血后形成脓毒血症，会对新生儿的身体造成严重影响；3、手术治疗：对于部分较严重的蜂窝组织炎，如果化脓始终不能缓解，必要情况下可以用手术进行切开，引流后让脓消除，避免新生儿局部形成更严重的并发症，形成瘘道等情况。此外，对于化脓性的脐周发炎，应该使用一些抗生素控制感染，这种脐部的感染非常容易控制不住后引起全身的脓毒血症。这时必要情况下可以进行脐部脓的培养或者血培养，根据新生儿脐培养和血培养的情况，必要选一种敏感的抗生素，控制新生儿的炎性状态。