卵巢囊肿是生理性，还是病理性，可以从以下几个方面来判断：1、存在的时间：生理性卵巢囊肿往往和月经周期相关，可能忽大忽小，有时存在，月经过后就消失。而病理性的卵巢囊肿会持续存在，跟月经周期无相关性；2、超声影像学形态：生理性囊肿往往大小＜5cm，多数都是单侧、单房。而病理性囊肿往往会更大，同时可能会出现双侧卵巢均有可能是多房，甚至卵巢囊肿的内壁会有附壁结节；3、肿瘤标志物测定：生理性卵巢囊肿往往不伴有肿瘤标志物的升高，而病理性卵巢囊肿，尤其是恶性的卵巢肿瘤，多数会有肿瘤标志物的升高。