肛周脓肿的形成多跟直肠相关的组织感染后出现化脓有关，此感染包括细菌性感染与特殊性感染。特殊性感染如结核杆菌感染引起肛周脓肿，目前较少的炎性肠病也可引起肛周脓肿。医学上将肛周脓肿分为内源性与非内源性的肛周脓肿，即腺源性与非腺源性。细菌性感染引起的肛周脓肿首先需切开排脓，抗感染治疗；结核性或其它炎性肠病引起的脓肿采取相应的其它治疗手段。