肛瘘手术时间一般较短，除高位复杂性肛瘘以及合并痔疮，可能手术时间较长，大约需要1小时以上。低位肛瘘通常半小时左右可以完成手术，位置较低的肛瘘可以通过门诊手术不需要住院，可服用消炎药控制炎症发生，同时配合中药坐浴、换药，在家多休息可以愈合。此过程不能剧烈运动，避免进食辛辣刺激食物、喝酒，保持良好心态。 如果是位置比较高的肛瘘病情比较复杂，需要住院手术，手术的方式较多，包括瘘管切除、挂线，需要根据具体的病情选择手术方式，总体原则是不能伤及括约肌或者导致肛门括约功能受损明显。手术需要打麻醉并不会出现疼痛，在术后应该住院半个月左右，需要观察患者伤口，同时进行换药、坐浴、外洗等治疗。