HPV疫苗可以分为预防性的疫苗和治疗性的疫苗，治疗性的疫苗现在正在研究中，预防性的疫苗肌肉注射以后，可以使人体产生有效的免疫反应，目前为止美国FDA已经批准有二价、四价、九价三种疫苗应用于临床。三针注射的时间分别为0、1-2个月和6个月，最佳的接种时间为初次性生活前。青少年初次性生活时间逐渐提前，因此提倡早期接种疫苗，在美国推荐女孩和男孩11-12岁作为常规免疫的一部分，主要适合于9-26岁的男女性，随着年龄的增加，疫苗有效性逐渐降低，在我国已经同意45岁以下的女性均可以注射。疫苗对于感染此种HPV的女性毫无保护作用，就是说对二价、四价、九价这病人，如果已经感染是没有保护作用的，也不能阻止接种者感染其他类型的HPV，只能保护这几价，如果有其他亚型感染也不能保护的，所以对HPV疫苗的推广使用有一定的争议，一个太贵，另外HPV疫苗不能覆盖所有的HPV亚型，注射疫苗以后还需要做防癌筛查，防癌筛查方面，现在宫颈细胞学也比较简单、有效、经济，真正因为HPV得癌的也是占极少数，所以HPV疫苗不良反应极少。虽然不良反应极少，但是很严重，有瘫痪、死亡的报道。所以有学者认为不值得不计代价的广泛推广疫苗，更适合于高危群体、性生活以前的少女。