手足口病一般的预后是比较良好的，尤其是轻型的手足口病，一般来说1周可以治愈，没有神经系统的后遗症。但是少数手足口病患儿如果为重症手足口病，尤其是合并有神经系统受累的表现，比如说精神差、嗜睡、易惊、头痛、呕吐或者肢体抖动、急性四肢无力、颈强直等，脑炎、脑膜炎以及脊髓灰质炎样综合征的症状和体征，有可能会发展成为心肺功能衰竭、神经源性肺水肿甚至导致死亡。这一部分患儿经过治疗后，有可能会遗留一些神经系统的后遗症，比如肢体的运动功能障碍或语言障碍，影响到以后的生活和学习。近年来柯萨奇病毒A6、A10所引起的手足口病的孩子，有时候在手足口病治愈2周或者是1个月后，可能会出现一些脱痂症状，或者是大疱性的疱疹脱落以后，可能会有一些皮肤损伤的表现。