胃肠道间质瘤是目前最常见的间叶源性肿瘤，最多发生于胃、小肠、结肠，结肠间质瘤则比较少见，仅占胃肠道间质瘤的大约5%，与其它部位的间质瘤相比，结肠间质瘤的预后要稍差。一项针对于不同部位的间质瘤预后的研究显示，胃与小肠间质瘤的五年生存率大约80%，直肠间质瘤的预后比较好，五年生存率可以高达90%，而结肠间质瘤的五年生存率为50%-60%。生存率与年龄有一定的关系，会随着年龄的减小而降低，即间质瘤的患者，越年轻预后越不好。还与肿瘤的直径与分化程度有关系，随着直径的增加分化程度会逐渐降低，生存率也会随之降低。但是随着时间的推移，五年生存率在逐步提高，可能得益于更有效的药物的不断出现，以及手术技术的不断提高。因此对于间质瘤的治疗仍要充满信心。