由于卵巢巧克力的囊肿手术，本身不可避免造成部分卵巢组织的损失，同时因为病灶本身对于卵巢的破坏会造成手术后卵巢功能的部分下降，故而在手术前，通常建议对患者原有卵巢功能进行一些评估。比如通过B超进行双侧卵巢下的窦卵泡数目的检测，患者的年龄、基础情况下的内分泌检查以及AMH血清学的改变。如果对于年龄大、卵巢功能差，已经做过一次卵巢巧克力囊肿手术的人群，又再度复发的这部分患者，一般不主张考虑手术。但是如果对于卵巢功能好、年轻、既往未进行手术治疗，又或者巧克力囊肿体积过大，超过4公分且怀疑有恶变可能，均要进行手术治疗。