新生儿癫痫的治疗，首先一定要明确新生儿癫痫的病因，根据病因进行病因治疗以及对症治疗。许多新生儿癫痫的病因，比如低血钙、低血糖、维生素B缺乏，给予相应的处理，比如给予补充钙剂、提高血糖、补充维生素B6。消除病因以后常常不需要进行治疗癫痫即可停止，一般不需要维持治疗。而药物撤退综合征以及家族性的良性新生儿癫痫通常是自限性疾病，癫痫可在数日到数周内自行停止，发作时常用抗癫痫药物。发作时常用药物有苯巴比妥，一般的负荷量是15-20mg/kg，维持剂量是3-4mg/kg/d，可以控制大约1/3的癫痫发作，逐步加量至40mg/kg时可以控制绝大多数的癫痫发作。其它的药物还有静脉注射苯二氮卓类，比如地西泮、氯硝西泮、咪达唑仑都可以用于急性新生儿的发作。给予上述药物控制癫痫发作控制以后，一般不需要维持治疗，最多2周以后可以直接停掉。