所有手术共有的并发症或风险，三叉神经痛手术也同样有，如麻醉意外，感染、出血等，但发生概率很低。另外，该区域的特殊性决定了其风险或并发症的特殊性。该区域有众多神经，如三叉神经管面部感觉，以及眼泪分泌，一旦神经完全损伤，可能会出现面部麻木、眼球干涩。该区域还有面神经和听神经，面神经一旦损伤，就可能出现面瘫，永久性面瘫；听神经损伤就可能出现一侧永久性听力丧失，也称为失聪。另外下方还有其他神经，后组颅神经一旦损伤可能出现声音嘶哑、饮水呛咳等。