999感冒灵的副作用即常见的不良反应，包括用药后偶见皮疹、瘙痒、荨麻疹、药物热、粒细胞减少等，还可能出现困倦、嗜睡、口渴、虚弱感。如果长期大量用药可能会导致肝损伤。999感冒灵的副作用与药物组成关系较大，此药物属于复方中成药，成分中含有中药组分，比如三叉苦，金盏银盘、野菊花、岗梅等。同时还包括西药成分，比如对乙酰氨基酚、马来酸氯苯那敏、咖啡因等。由于西药成分的存在，在使用999感冒灵时应避免饮酒，同样勿饮用含有酒精的饮料。如果长期大量服用对乙酰氨基酚，可能会出现肝损伤，饮酒会加重这种风险，也提示严重肝肾功能不良患者禁止使用999感冒灵。针对用药后困倦、嗜睡的不良反应，需避免驾驶机车、船、从事高空作业等。