若艾烟量较大、吸入时间较长则对身体有害，且艾叶做成的艾条烟较大。若部分人对烟雾过敏会感到不适，或本身患有感冒闻到味可能感觉不适。若短期吸入艾烟，如治疗时20-60分钟，1-2次/周对人体无较大影响。但若每天在密闭环境中进行艾灸，对人体无益。长期艾灸墙上会有厚烟尘痕迹，说明艾灸烟中颗粒较大，无法完全排出，长期暴露在此类环境中会吸入较多有害物质，尽量保持通风。