支原体感染引起咳嗽3个月没有治愈，不同情况有不同的处理方法，具体如下：1、支原体感染没有得到有效控制：支原体作为致病微生物，介于细菌和病毒之间，是细胞外可以生存的最小微生物，容易定植。支原体感染多发生于体质相对较弱、抵抗力较低的人群，比如儿童、老年人，感染以后潜伏期较长，甚至在3周以上才会发病，有些患者会存在隐性感染。患者需要注意保持足够的疗程，过去疗程相对较短，通常在2周左右，后来发现支原体清除并不充分。现在有时会将疗程延长到4周，不论是左氧类抗生素还是大环内酯类抗生素，都需要使用足够的疗程。此外还可以通过监测体内支原体抗体滴度，判断支原体是否得到有效控制，如果支原体抗体滴度一直在高位，建议继续进行抗感染治疗；2、咳嗽变异性哮喘：长时间咳嗽可能是感染诱发哮喘发作，可以通过肺功能检查明确诊断，诊断明确以后，需要使用吸入激素类药物进行治疗和控制。