飞秒激光是一种比较先进的激光模式，相对准分子激光而言，它的技术和安全性、有效性，又得到了进一步提高，但是既然是手术，在有优点的同时也会有弊端，相对来说飞秒激光手术后的后遗症比较少，最常见的后遗症具体如下：1、术后感染：这个发生率是极低，最近几年都很少见到，但是既然是手术，动了角膜组织，就难免会有感染的风险；2、术后角膜状态改变：有的患者在手术后，可能会出现角膜云翳的情况，这个情况大多数是与患者自身条件相关，比如有的患者可能是瘢痕体质，但是在手术之前没有表现出来，手术之后可能就体现在角膜伤口的愈合上面，就会形成一些薄的斑翳，所谓的角膜云翳就是这样来的；3、屈光回退：这种现象更多容易出现在术前是高度近视的患者身上，如果患者术后不太注意科学合理的用眼，手术之后并不是一劳永逸的事情，继续疲劳用眼，眼轴就会进一步增长，于是也就会发现屈光回退，又有了近视度数。