无痛胃肠镜和普通胃肠镜的区别在于是否进行麻醉，进行胃肠镜时，均需要进行肠道准备，如禁食禁水，术前抽血化验、评估等。但在检查胃肠镜时，进行无痛胃肠镜患者会提早进行输液，输注林格氏液或生理盐水，在摆好体位以后，麻醉师会推入麻醉药，通常应用丙泊酚、瑞芬泰尼。患者麻醉后医生先进行胃镜检查，观察结束以后退出胃镜，换为结肠镜，再进行结肠检查。如果仅为普通检查，整个过程无需进行病理组织检查和治疗，在20-30分钟即可结束。如果需要进行活检，如多部位活检，甚至内镜下治疗，则时间无法确定。