女性雌激素低的原因分为生理性和病理性，具体如下：1、生理性原因：在没有进入青春期发育时，雌激素水平会较低，垂体的卵泡刺激素和黄体生成素也较低。若女性进入绝经期，无月经时检查激素水平，雌激素也比较低。所以在女性青春期以及绝经期雌激素水平会较低，为正常情况，不用过于担心；2、病理性原因：在正常育龄期女性如果出现雌激素水平低，也需考虑为某些疾病所导致，较常见为由于分管雌激素的垂体或下丘脑的卵泡刺激素、黄体生成素及更上一级的激素水平出现问题，会导致雌激素出问题，常见于垂体瘤或下丘脑的某些疾病、炎症或脑外伤等。此外，子宫附件、卵巢等器官如果出问题，也有可能导致雌激素水平出现异常。