肩胛骨肌肉出现酸痛，常常由于以下几种原因导致：1、长时间伏案工作：缺少主动的运动和锻炼，导致固定肩胛骨的肌肉，比如斜方肌、内侧大小菱形肌和身旁前锯肌出现疲劳，肌肉痉挛产生无菌性炎症反应，就会出现肩胛骨部肌肉的酸痛，表现为肩胛骨比较大范围的肌肉紧张和痉挛，用手触摸可以触到肌腱条索样的痉挛板，疼痛范围也比较广泛。可以口服抗炎镇痛药物，或者是外敷软膏进行治疗；2、肩关节疾病：比较常见，导致肩胛骨肌肉酸痛，肩关节常见的疾病有很多都是无菌性炎症，无菌性炎症刺激会引起肩袖肌肉的疼痛感，肩袖肌肉有3块都是长在肩胛骨上，因此会出现肩胛骨区域的肌肉疼痛；3、肩关节炎症反应：也会导致肩关节活动范围受限，肩关节活动范围受限就会引起肩胛骨运动过量，产生肩胛骨相对的疲劳，也会引起肌肉的酸痛感；4、颈椎疾病：颈椎退变劳损，像关节增生、椎间隙变窄、椎间盘病变等问题，常常会引起颈部肌肉，连带着肩胛骨内侧肌肉的紧张和疲劳，引起疼痛。而且疼痛会反复发作，在受凉或者是伏案工作时间过长更容易出现，应该对颈椎进行诊断和相应的治疗。