肾囊肿的并发症主要包括出血、感染、肾功能损害，部分病人还会有疼痛，具体如下；1、疼痛：肾囊肿由膨大的肾小管憩室形成，这种憩室随着囊液的分泌会不断长大，长到一定程度时，牵拉到肾脏包膜或者影响到肾盂，病人就会出现疼痛，一般是钝痛，有时疼痛不严重。另外，囊内有出血感染的时候，病人也会感觉到肾脏疼痛；2、囊内出血：囊肿的生长速度过快时，囊内就会出现出血，出血时病人也会感觉到腰背部不适或者腰背部胀痛等；3、感染：特别是囊内出血后，因为血液是比较好的培养基，这个时候如果有细菌生长，就会出现囊内感染，需要进行积极治疗；4、肾功能损害：肾囊肿逐渐增大后，会影响到肾脏组织，会对肾脏组织造成挤压、牵拉等，这种挤压就会让肾脏局部组织出现变形，此种变形就可能导致肾功能损害，出现肾功能不全的表现。