早晨起来喉咙有痰原因主要为慢性咽喉炎、支气管炎、胃食道反流，具体如下：1、慢性咽喉炎：慢性咽喉炎患者晚上睡觉时由于较为干燥，可引起咽喉部黏膜分泌物过多，因此早上起来有痰液。需进行对症药物治疗，如可服用中成类药物中的一清胶囊或甘桔冰梅片以清热去火，可消除喉咙有痰液的症状；2、支气管炎：支气管炎的患者经过一夜的呼吸，次日早晨起来喉咙中可有痰液；3、胃食道反流：若有慢性胃炎、胃食道反流，胃酸可刺激咽喉部黏膜，可出现咽喉部黏膜分泌物过多，也可出现晨起痰液过多。若每日晨起感喉咙中有痰液，应检查咽喉部且追问病人病史，询问是否患慢性胃炎。若患者近期有频繁咳嗽、上呼吸道感染、支气管炎等症状，则需分别对症治疗。