睡眠呼吸暂停低通气综合征患者在使用呼吸机过程中，副作用如下：1、这种面罩或者鼻罩的使用，可能会对局部佩戴区域有局部压迫，可能会引起皮肤的缺血改变，甚至出现溃疡坏死，所以压力要选择合适，只要佩戴部位不漏气，就达到基本目的，不用扣得特别紧；2、如果漏气，高流量气体还可能会造成局部损伤，如果在鼻两侧或者是眼眶下侧有气体泄漏，高速气流长期刺激眼睛，引起眼部的炎症，如结膜炎；3、在使用过程中要注意充分的湿化，有的病人会觉得口腔很干燥、鼻腔很干燥，这是另外的副作用。在使用过程中做好充分的湿化，保证湿化器里有充足的水分，并且将湿化的湿化度调高一些；4、还要注意可能还有感染的问题，部分病人长期使用呼吸机可能出现一些肺部的感染，比如曲霉菌的感染，检查发现呼吸机，会发现管路非常脏，里面有很多污垢，可能有一些真菌，因为呼吸机管道长期处在温暖湿润又有氧气的状态下，容易滋生细菌、真菌，要做好定期的消毒。