肛门流脓大多由于肛周脓肿或肛瘘引起，具体如下：1、肛周脓肿：常与局部皮肤损伤有关，肛周脓肿较难自行痊愈，大多都需切开引流。如果仅为皮肤表面脓肿，在切开后10-14天，脓肿会自然消退直至愈合；2、肛瘘：便秘、腹泻患者容易产生肛窦、肛柱等部位损伤进而形成肛窦炎，如控制不佳则形成肛瘘。在肛门口、直肠内有小口，两个口间有窦道相连，其中窦道称为肛瘘。肛瘘愈合时间会较肛周脓肿愈合时间无限延长，甚至不能自行愈合。因此，肛瘘很难通过口服消炎药就使症状缓解和消失，一般都要完整切开瘘管，使新生肉芽组织由内向外生成。肛瘘的治愈可以使肛周脓肿和肛周流脓的现象逐渐消退，直至消失。